Ξεχωριστή θέση στο μνημειακό απόθεμα των Πρεσπών έχουν τα βυζαντινά και μεταβυζαντινά ασκηταριά, που αναπτύχθηκαν μετά τον 13ο αιώνα στη Μεγάλη Πρέσπα. Πρόκειται για απομονωμένα σπήλαια στις βραχώδεις όχθες της λίμνης, που έγιναν ησυχαστήρια ενός ιδιότυπου ασκητικού μοναχισμού, που κράτησε έως τον 19ο αιώνα.

Τα πιο γνωστά στους εξιδεικευμένους τουριστικούς οδηγούς, στο ελληνικό τμήμα της λίμνης, είναι τα ασκηταριά της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος, της Μικρής Ανάληψης και της Παναγίας Ελεούσας. Στην αλβανική πλευρά και στο νησάκι «mali Grad» το ασκηταριό των Εσοδίων της Θεοτόκου και στην πλευρά της Βόρειας Μακεδονίας και στο νησάκι «Golem Grade», ο ναός του Απόστολου Πέτρου.